Protoni on atomin rakenneosanen, ytimessä oleva positiivisella varauksella varustettu alkeishiukkanen. Samassa alkuaineessa on sama määrä protoneja.
Protonien lukumäärä atomissa on nimeltään järjestysluku. Alkuaineet on järjestetty jaksollisessa järjestelmässä protonien lukumäärän mukaan. Vedyn järjestysluku on yksi, joten vety on ensimmäinen alkuaine alkuaineiden jaksollisessa järjestelmässä. Myös atomimassa kasvaa protonien lukumäärän kasvaessa paria poikkeusta lukuun ottamatta.
Järjestysluku kertoo myös ytimen varauksen suuruuden. Esimerkiksi alkuaineen kloori järjestysluku on 17, joten sillä on 17 protonia ytimessään eli ytimen varaus on +17. Koska atomissa on sama määrä elektroneja ja protoneja, niin kloorin elektronipilven varaus on -17. Varaukset -17 ja +17 kumoavat toisensa, joten atomi on ulkoisesti varaukseton eli neutraali eli sen varaus on nolla.
Protonin massa on likimain neutronin massan suuruinen ja noin 1840 kertaa elektronin massan suuruinen eli likimain on voimassa mp = mn = 1840 me.